Você está usando aspas duplas no comando alias, portanto, o que estiver entre aspas duplas será executado no momento em que você estiver configurando o alias . Você precisa usar aspas simples ao redor da definição do alias, para que as variáveis sejam resolvidas quando o alias for usado. Por exemplo, tente estes dois:
alias wtf1='echo $(pwd)'
alias wtf2="echo $(pwd)"
Você verá que wtf1
relata corretamente o diretório atual, enquanto wtf2
parece estar preso no diretório em que você estava quando configurou o alias.