Eu faria backup dos arquivos da unidade, reformataria como FAT32 e restauraria os arquivos.
Você não pode converter o NTFS em FAT32. O PartitionMagic ou similar pode ser capaz de fazer isso, mas eu não sei sobre isso - YMMV.
Editar : Eu então conecto o disco a um sistema operacional que não suporta ou reproduz arquivos com partições NTFS. Sei que o Mac OS X não é legal - vejo todos os tipos de arquivos que você normalmente não consegue ver e, em seguida, copio-os. Tenho certeza que também é possível recriar isso no linux. Você pode conseguir um Live CD (ou uma partição ou VM) e depois montar a unidade com o seu caddy USB e, finalmente, copiar os arquivos que está perdendo!
Não há garantias de que isso funcionará no entanto.