Provavelmente, um é escrito no formato DOS, em que os terminais de linha são carriagereturn + newline, enquanto o formato Unix é apenas um caractere de nova linha. A concha não entende o movimento da carruagem e vê isso como apenas outro personagem, como uma carta ou um ponto. Portanto, você recebe erros.
Usar o Notepad ++ (um programa do Windows) provavelmente irá ignorar os diferentes finais de linha. Se você realmente quer ver as diferenças use
cmp -l file1 file2
Isto irá comparar cada byte, gerando diferentes valores de byte em octal.
Você também pode comparar a saída de
cat -vet file1
e
cat -vet file2
carriagereturn é mostrado como ^M , guias como ^I . O fim da linha é $ .
Edit: sua saída FC mostra os bytes como hexadecimais. 0D é o retorno do carro, 0A é nova linha.
Para converter do formato DOS para o Unix, você pode usar o comando dos2unix (talvez seja necessário instalar o pacote dos2unix primeiro).
dos2unix -o file1