Você precisa pensar menos em pastas hierárquicas. É como múltipla escolha ... "Bem, ou vai nesta pasta ou nessa pasta".
A marcação é como entrar em um restaurante onde não há menu. Você acabou de pedir o que você quer. Funciona bem para algumas pessoas, mas o cérebro de algumas pessoas não consegue lidar com isso.
Também para usuários menos experientes em tecnologia, eles não necessariamente entendem a metáfora da tag tão facilmente quanto eles entenderiam a analogia do fichário / pasta.