A sintaxe do seu arquivo de lote está incorreta. Considere as seguintes linhas:
for %%a in (%WinDir%\Log") do rd /s /q "%%~a"
...
for %%a in (%WinDir%\Logs") do rd /s /q "%%~a"
Em ambas as linhas, você está perdendo a aspa dupla antes de %WinDir%
. A sintaxe correta é:
for %%a in ("%WinDir%\Log") do rd /s /q "%%~a"
...
for %%a in ("%WinDir%\Logs") do rd /s /q "%%~a"
Como, por padrão, o grupo Administradores tem acesso total à pasta Logs, não é necessário apropriar-se dele antes de tentar excluir os arquivos que ele contém.
Como nota lateral, o diretório %WinDir%\Log
é um diretório não padrão.