What solutions are currently out there to allow me to search for corrupted files and remove them from my recovered hard-drives?
Nenhum.
Isso ocorre em parte porque "todos os principais formatos" não são uma lista bem definida.
Você poderia fazer uma lista dos formatos de interesse para você, para cada formato, identificar um comando que irá verificar isso. O comando pode ser uma conversão para outro formato em que a saída é para um arquivo nulo ou um que é subseqüentemente excluído. Em seguida, escreva um script para aplicar o comando apropriado a todos os arquivos, detectar falhas e excluir ou separar arquivos que falham.