Esta é uma má idéia - parece-me que realmente se limita ao não-sensorial, já que a informação mantida pelo Linux é, na maior parte, não passível de uma representação de banco de dados relacional.
Você fala sobre encontrar dificuldades na análise de cadeias de caracteres - mas não está claro o que você está querendo dizer aqui. Certamente a maioria dos artefatos no Linux podem ser acessados como arquivos, no entanto, existem ferramentas front-end para trabalhar e manipulá-los.
Tangenially relacionados - WinFS - parece ter sido uma tentativa de fazer um sistema de arquivos de banco de dados pela Microsoft, que parece ter nunca chegar a ser concretizado. a entrada da Wikipedia é uma leitura interessante, mas mesmo que isso exista, não seria uma interface completa para um sistema operacional, e sim uma interface para um sistema de arquivos.
Eu não consegui encontrar nenhum projeto que faça isso no Linux, mas eu acho que seria teoricamente possível criar um shell do Linux que (possivelmente em combinação com o FUSE). Eu encontrei um projeto nomes GLSCube - que teria visto algo análogo [para o manuseio de arquivos] - embora não baseado em SQL - mas parece ter sido natimorto.