O atalho de teclado do Spotlight é armazenado em com.apple.symbolichotkeys
.
Para desativá-lo, execute o seguinte:
/usr/libexec/PlistBuddy ~/Library/Preferences/com.apple.symbolichotkeys.plist -c \
"Set AppleSymbolicHotKeys:64:enabled false"
Isso entra em vigor após o logout.
Para reativar, substitua false por true.