Seu disco de inicialização terá que ser particionado como MBR para o Windows para ser inicializado e, como resultado, o próprio disco será limitado a um tamanho menor que 2 TB.
Se o seu disco de inicialização é de 1 TB ou menos, é improvável que isso seja uma preocupação séria.
Você ainda pode ter discos secundários de 2TB ou maiores particionados como GPT; a limitação está presente apenas no disco boot , pois o Windows só oferece suporte à inicialização do BIOS + MBR ou UEFI + GPT.