O ffmpeg pode ler STDIN, então tudo que você precisa fazer é canalizar os quadros do seu script para o ffmpeg através desse fluxo, em algum formato que o ffmpeg entenda.
Por exemplo, se eu usar o ffmpeg para decodificar um fluxo de vídeo em quadros individuais usando o YUV420P como um formato de pixel, posso lê-los novamente, mas só preciso especificar as dimensões, taxa de quadros e formato de pixel novamente:
ffmpeg -i input.mp4 -f rawvideo - | \
ffmpeg -f rawvideo -s 1920x1080 -r 60 -pix_fmt yuv420p -i - output.mp4
Naturalmente, se você pode transmitir formatos válidos a partir do seu script - e, preferencialmente, formatos passíveis de fluxo, como o MPEG-2 TS -, então o ffmpeg também poderia, é claro, lê-lo.