Eu uso o Gerenciador de Configurações CompizConfig para definir meus aplicativos em áreas de trabalho específicas em coordenadas específicas. Por exemplo. psensor sempre no canto superior direito do espaço de trabalho (WS) 2, sempre no canto superior esquerdo WS2, boinc no canto inferior esquerdo do WS3, ...
Todos esses aplicativos também são adicionados a "Aplicativos de inicialização" para que, quando eu fizer logon, tudo esteja no lugar certo e aberto ...
Em vez de fazer logoff, também uso o TuxOnIce para hibernar minha máquina para que TODOS os aplicativos que estão sendo executados retornem onde estavam.
IMHO, se você gastar 3 horas toda vez para configurar seu ambiente, é melhor gastar esse tempo configurando as coisas ...
Bom o suficiente ??? ;)