Sim, mas você tem que separar primeiro. Para separar o filho do processo pai, execute:
kill -20 PID
kill -18 PID
Veja também: link
Se você estiver no mesmo terminal com o processo, digite ctrl-z
para parar o pai e use ps -ef
para localizar o PID do filho php. Use as linhas de eliminação acima para separar efetivamente o filho do pai. Então fg
de volta ao seu script de shell e ele deve terminar normalmente, ou você pode kill -9
o script de shell por PID ou nome diretamente enquanto você está no prompt. Caso contrário, matar o pai irá (eventualmente) tirar o filho.