Em primeiro lugar, você não precisa inserir quebras de seção, que, como você viu, interrompem o fluxo contínuo de texto.
Uma maneira fácil de conseguir o que você deseja é definir um estilo de caractere que você usará apenas para essas referências de página (você também pode adaptar um dos estilos internos, contanto que não o use para algo mais). Se você usar colchetes ao redor das referências da página, como no seu exemplo, mas não quiser que os colchetes apareçam no cabeçalho, não aplique o estilo de caractere a eles; aplique-o apenas ao que está dentro deles.
Em seguida, no cabeçalho da página, insira um campo STYLEREF que faça referência a esse estilo (na guia Inserir , no grupo Texto , clique em Partes rápidas > Campo , selecione STYLEREF na lista Nomes dos campos e selecione o nome do estilo no Estilo nome do campo ). Em seguida, o Word localizará o primeiro bit de texto em cada página desse estilo e o colocará no cabeçalho dessa página.