A redefinição do CMOS pode não corrigir seu problema nem obter os resultados que você deseja obter. Além disso, a reconfiguração do CMOS não deve afetar os dados em um SSD. Mas, para responder à sua outra pergunta, sim, você pode desconectá-los se isso o incomodar. A reposição do CMOS apenas restaura a configuração do sistema para o padrão.
Você mencionou que sua GPU tem seu próprio UEFI e que você ativou a inicialização do CSM após a instalação. Parece que você configurou o gpu no modo UEFI e depois alternou para o modo UEFI / Legacy / CSM. Isso evitaria que seus gráficos fossem inicializados e a tela não funcionasse. A sua placa de sistema particular, ASUS MAXIMUS VII HERO, possui gráficos integrados. Para fazer com que você gpu mostre uma tela ou inicialize, você pode tentar puxar a GPU e ver se os gráficos on-board funcionam para entrar na configuração. As placas UEFI possuem um driver gráfico básico para habilitar gráficos integrados.
Certifique-se de configurar seu sistema em um modo
Você precisará configurar o hardware e o software (SO) no mesmo modo de sistema. Você não pode configurar parte do seu sistema em um modo e alternar para outro modo, pois isso implicaria em tentar fazer com que a placa do sistema seja executada nos dois modos ao mesmo tempo, o que não acontecerá.
O Windows 7 está documentado para poder instalar no modo UEFI. Você está recebendo a mensagem "falha ao iniciar, pressione ctrl + alt + del para reiniciar" porque não está localizando alguns arquivos de inicialização ou porque não há onde eles deveriam estar ou corromper, ou eles parecem não estar lá porque o sistema está procurando no lugar errado. Isso pode ser simplesmente uma configuração errada, já que isso também pode gerar essa mensagem.