Graças à sugestão do @BenN, consegui resolver o problema.
Eu usei Process Monitor para verificar o que o explorer.exe trava. Parece que foi uma extensão de shell defeituosa. Eu não o instalei recentemente, então acho que ficou corrompido de alguma forma. Após a desinstalação, o problema desapareceu.
Edit2: Foi a extensão shell da DAEMON Tools 5.2.0. Não seria culpado, já que estava funcionando bem por vários meses.