Depende de quão mal o seu computador está infectado. A inicialização segura foi projetada para evitar isso, mas definitivamente seria possível, digamos, um computador uefi com inicialização segura desativada para que o malware se instalasse na partição efi, carregando janelas após ele mesmo e removendo qualquer possibilidade de sobrescrevê-lo.
Se você está realmente preocupado, você sempre pode redefinir seu BIOS / UEFI, usar um dvd do Windows 10, limpar totalmente seu disco rígido e reinstalar do zero.
Com pouquíssima exceção, isso eliminará absolutamente tudo. (Existem alguns rumores de malware de firmware que visam dispositivos específicos, e não podem ser removidos com isso, mas você precisa ser direcionado especificamente para eles, e a menos que você tenha se tornado um alvo para a NSA, eu não se preocupe com isso.)