A página da wikipedia no software rsi fornece alguns links para as ferramentas do Linux. pokoy parece se adequar às suas necessidades, com um arquivo de configuração de opções como
enable_skip <true/false>:
If set to true, user can press 's' to skip break.
enable_postpone <true/false>:
If set to true, user can press 'p' to postpone break.
break <time_between_breaks> <break_duration> <postpone_time>:
Você precisa compilá-lo, então pode ser necessário instalar libxcb-devel
.