Não sou especialista em Gnuplot, mas olhando a documentação , a página 161 mostra o set style fill
comando.
A partir da documentação, diz:
The default fillstyle is empty. The solid option causes filling with a solid color, if the terminal supports that. The parameter specifies the intensity of the fill color. At a of 0.0, the box is empty, at of 1.0, the inner area is of the same color as the current linetype. Some terminal types can vary the density continuously; others implement only a few levels of partial fill. If no parameter is given, it defaults to 1.
No seu caso, acredito que você queira o comando que está na linha de set style fill transparent 1
ou set style fill solid 1
. Você teria que ver como ambos se parecem e escolher o que é melhor. Você também pode mexer com o valor alfa e tentar algo como 0,85 para ver se parece melhor do que um preenchimento completamente sólido.