Tanto quanto sei, apt
, aptitude
e apt-get
/ cache
usam as mesmas configurações de repositório. Portanto, não há diferença nas instalações de nenhum deles.
O artigo que você apontou basicamente dá a mesma resposta.
Mas também, dê uma olhada aqui: link
para mais informações para manter sua mente à vontade.
O ponto principal a ser observado é que essas ferramentas são front-ends, então você pode usá-las de forma intercambiável. A diferença é sua funcionalidade e facilidade de uso.