O Nmap escolhe especificamente as sondas para o traceroute, a partir do que ele sabe sobre o alvo, escolhendo as sondas com maior probabilidade de chegar até o alvo. Por esse motivo, o traceroute não é realmente útil para depurar pacotes descartados, mas é excelente para rastrear rapidamente o caminho sem saber o que alcançará o alvo.
Acabei de colocar uma solicitação de recursos para que esta faça parte da ferramenta Nping, que é desenvolvido pelo Projeto Nmap e parece ser uma boa plataforma para tal capacidade. Enquanto isso, como menciona @StevenLee, existem ferramentas de traceroute existentes que podem especificar qual porta rastrear.