Expandindo a resposta de Hardorman. Mesmo que o ventilador seja de 3 pinos, ele ainda pode ser controlado pela GPU. Os pinouts comuns são:
Power [red] (Always)
RPM control [usually blue] (sometimes)
RPM feedback [usually white] (also sometimes - more likely if there's RPM control)
Ground [black] (Always)
Se você tiver as ferramentas (dependendo do conector), puxe todos os fios, exceto vermelho e preto, e veja o que o ventilador faz. Ele deve girar imediatamente até a velocidade máxima quando receber energia (a linha de controle PWM é puxada internamente na maioria dos ventiladores). Se ainda girar de forma intermitente, o ventilador provavelmente precisará ser substituído.
Se ele não girar, use o fio azul e conecte-o a + 12V (ou 5V se for um ventilador de 5V) em algum lugar da placa-mãe. Isso deve forçar o ventilador a girar até a velocidade máxima. (se você não tem idéia de por que você deveria fazer isso, eu não recomendaria fazer isso)