Assim como o shell, env usa $PATH para encontrar o arquivo executável para um nome de comando simples. (Ao contrário do shell, ele não usa aliases, funções e builtins primeiro.) Eu não tenho o Debian em mãos, mas no meu Ubuntu 14.04 (que não deve ser muito diferente) o padrão / empacotado perl está em /usr/bin , e um usuário de teste sem personalização recebe uma configuração $PATH de
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games
mais o .profile padrão verifica se $HOME/bin existe e, se for, adiciona na frente.
/usr/local/* é destinado precisamente para substituições "específicas ao meu sistema" e ~username/bin para substituições "somente deste usuário", portanto, um link simbólico em qualquer um deles deve funcionar. Alternativamente, você pode colocar /opt/perl (ou talvez /opt/perl/bin se estiver estruturado dessa forma) no seu $PATH antes de /usr/bin .