Na maioria das vezes, o IE11 armazena cookies em %USERPROFILE%\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Cookies
ou, se você estiver usando o IE no modo protegido, %USERPROFILE%\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Cookies\Low
.
Mas ...
A partir do IE10, somente o cookie em si é armazenado no diretório de roaming e as instruções de qual site eles pertencem e como eles serão usados são armazenados em um banco de dados localizado em %userprofile%\AppData\Local\Microsoft\Windows\WebCache\WebCacheV01.dat
.
Esse arquivo pode ser muito grande (no que diz respeito aos navegadores da Web usados em bancos de dados), portanto, se você estiver usando o Roaming Profiles em uma rede com centenas de usuários e usar algum formulário ou redirecionamento ou sincronização para incluir esse arquivo, verifique se o armazenamento é capaz.