Você fez muitas perguntas aqui, mas acho que está pensando demais sobre isso.
Use apenas -crf e -preset . Use o maior valor -crf que ainda forneça uma saída aceitável e o mais lento -preset para o qual você tenha paciência. Veja FFmpeg Wiki: Guia de codificação de vídeo H.264 para mais informações.
Quanto ao escalonamento, basta usar o filtro de escala da seguinte forma: -vf scale=1280:-2 ou -vf scale=480:-2 . O -2 dirá ao filtro para preservar o aspecto e ajustar ligeiramente a saída, se necessário, para torná-la divisível por 2, que é exigida por x264 para saída com subamostragem de cromamento YUV 4: 2: 0. p>