O problema mais comum que leva aos sintomas que você descreve é um firewall mal configurado em algum lugar no caminho que causa falha na descoberta do PMTU.
Você pode tentar ajustar a configuração da MTU no próprio túnel. Acredito que a configuração correta de MTU para execução de 6 em 4 sobre PPPoE seja 1476. Lembre-se de que você precisa ajustar a configuração de MTU em ambas as extremidades do túnel. Você também pode experimentar valores mais baixos para a configuração de MTU no túnel. Mas não vá abaixo de 1280, que é o valor mais baixo permitido pelo padrão IPv6.
Se a mudança da MTU no túnel não ajudar, você pode tentar usar ip6tables
para baixar o MSS em todos os pacotes TCP SYN encaminhados pelo roteador. Eu acredito que este comando deve funcionar para isso:
ip6tables -A FORWARD -p tcp --tcp-flags SYN SYN -j TCPMSS --set-mss 1220
Acredito que 1220 é o valor mais confiável a ser usado para o MSS.