Estou lhe dizendo que a lista já está classificada de tal forma que os arquivos nomeados já são contíguos e o mais recente é sempre listado primeiro.
Não deve ser difícil escrever um script VBS ou JScript dedicado, mas talvez seja um pouco mais fácil usar o JREPL com um pouco de JScript fornecido pelo usuário da seguinte forma:
jrepl "^(.+?)#.*$" "if ($1==prev) {false} else {prev=$1;$0}" /jmatch /jbeg "prev=''" /f test.txt