Isso não é possível.
Se você quer suporte para comandos / executáveis do Windows, você simplesmente precisa de um ambiente Windows.
Imagens como WinPE, Hirens bootcd etc são tudo isso. Não há realmente nenhuma razão para você criar o seu, em vez de usar um deles. Eles são ferramentas muito boas, usadas pelos profissionais.
Observe, no entanto, que os comandos do MSDos, como copy, format, cd, dir, etc., fazem parte do dos, não do windows e, portanto, ainda funcionam.