A ferramenta de criação de mídia formata o seu drive USB, o que limpa todos os dados nele contidos. Ele indica quando você faz o download da ferramenta:
A blank USB or DVD (and DVD burner) with at least 4 GB of space if you want to create media. We recommend using a blank USB or blank DVD, because any content on it will be deleted.
Captura de tela da própria ferramenta (depois de selecionar para criar um instalador USB):