Eu não acho que isso seja possível, pois a configuração é gravada na chave HKEY_CURRENT_USER
no registro. por exemplo:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office.0\Excel\Options
Isso significa que, como você já mencionou, essa opção é local para um usuário atual e não para uma pasta de trabalho / arquivo.
Você pode tentar usar a seguinte macro AutoExec no seu Wokbook:
Sub AutoExec()
' To activate
Application.ShowWindowsInTaskbar = True
' To de-activate
'Application.ShowWindowsInTaskbar = False
End Sub
[EDITADO] Observe o comentário de LPChip sobre a substituição de configurações possivelmente indesejadas.