Não vejo nada de errado com sua camada adicional de segurança. Ao adicionar o usuário adicional, ele impede que um falso comando seja executado sob o usuário normal, o que afetaria todo o sistema. Esse foi o ponto com um login de raiz no passado. É exagero, talvez, mas essa é uma das grandes coisas com um sistema GNU / Linux. É o seu sistema para definir como quiser.
Lembre-se de que fazer perguntas nunca é errado, desde que você faça a pergunta certa ...