Meu palpite é que você rsynced sem -HS
, de modo que os arquivos com hardlink no original não estejam com hardlink na cópia, e os arquivos esparsos no original não sejam escassos na cópia.
Você pode verificar a primeira hipótese fazendo algo como
diff -u <(find /run/media/jonash/T1/ -type -f links +1) <(find /run/media/jonash/T2/ -type f -links +1)
Encontrar arquivos esparsos é um pouco mais difícil:
diff -u <(du -hsc /run/media/jonash/T1/*) <(du -hsc /run/media/jonash/T2/*)
Em seguida, veja quais diretórios exibem um tamanho diferente e faça uma pesquisa detalhada até encontrar arquivos em que du -h
relate um tamanho menor que du -h --apparent-size
.