Usando o Process Monitor da SysInternals, consegui encontrar um identificador para uma pasta chamada %appdata%\..\Local\Robert_Chartier\Terminals\Data . (Uma rápida pesquisa no Google revela Robert Chartier como desenvolvedor de Terminais.)
A partir daí, abri o Favorites.xml e mudei todas as linhas de <DesktopSize>AutoScale</DesktopSize> para <DesktopSize>x1024</DesktopSize> (que foi o que encontrei quando o fiz manualmente).
Abrindo os terminais agora, acho que o tamanho é adequado e funciona corretamente.