Existem alguns protocolos de rede padrão para área de trabalho e aplicativos remotos.
No Linux / Unix, você geralmente usa o X, que é capaz de servir sua tela local, teclado e mouse não apenas para aplicativos locais, mas também para aplicativos remotos. Juntamente com o ssh, você pode criptografar o tráfego de rede do X. Se as máquinas remotas forem configuradas com algum gerenciador de login do xdm, kdm ou gdm, que permite conexões de rede, você também pode conectar-se não apenas a aplicativos únicos, mas a login e desktops inteiros com o Xnest.
Em Windws você costuma usar a área de trabalho remota, que permite que você faça o login e acesse uma área de trabalho inteira em uma janela.
Do Linux, você pode acessar a área de trabalho remota do Windows com um programa como o rdesktop. Do Windows, você pode acessar os aplicativos do Linux X com um servidor X, como o Xming, junto com o putty para o ssh.
Existem também outros protocolos, como o VNC, que permitem a conexão a computadores remotos.