Seu amigo está certo - ffmpeg
apenas corta em quadros-chave ao fazer uma cópia de fluxo. Se você transcodificar, poderá fazer uma cópia exata do quadro; por exemplo:
$ ffmpeg -i source.mkv -ss 01:02:37.754 -map_chapters -1 -c:v libx264-c:a copy -crf 18 -t 00:04:52.292 output.mkv
Altere o valor de crf
para se adequar à sua qualidade. Observe que, como essa é uma transcodificação, ela demorará muito mais do que uma cópia de fluxo.
Veja a página do ffmpeg em Buscando para mais informações.