A única solução que conheço é através do iptables .
É mais fácil fazer isso com ipset : criar uma lista de IPs permitidos,
ipset create good_ips hash:net
adicione seus ips à lista,
ipset add good_ips 8.8.8.8
ipset add good_ips 192.168.155.0/24
Você pode bloquear todos os IPs não na lista, tentando acessar seu servidor DNS da seguinte forma:
iptables -A INPUT -p udp --dport 53 -m set --match-set ! good_ips src -j DROP
Isso pode se tornar permanente com:
ipset save > /etc/ipset.conf
systemctl enable ipset
(o último comando é para os serviços systemd , que agora é a maioria dos Linuxes; se você não estiver em tal sistema, ajuste-o de acordo).