Eu tive exatamente o mesmo problema.
Para consertá-lo, renomei o arquivo com.apple.symbolichotkeys.plist para com.apple.symbolichotkeys.plist.backup (apenas no caso), depois executei killall Dock
e, em seguida, reiniciou o Dock via Spotlight e agora funciona bem novamente.
Eu tenho ctrl-1, ctrl-2, etc mapeado para espaços. Um hábito dos meus dias do Linux.