Existem maneiras de editar o gerenciador de inicialização / carregador manualmente após a instalação. Uma é a ferramenta oficial da Microsoft bcedit que é totalmente capaz de isso, mas não o programa mais userfirendly. Há também o software de terceiros easybcd que tem um bom guia para a edição do gerenciador de inicialização.
Com ambos, você pode editar o seu gerenciador de partida para que ele sempre seja inicializado diretamente em um sistema (o que, se eu entendi corretamente, é o que você quer).
No entanto, tenha em mente o seguinte. A inicialização do Windows é um processo de duas fases, consistindo em um carregador de inicialização e um gerenciador de inicialização. Esses dois não precisam ser instalados no mesmo disco rígido (acho que o carregador deve estar sempre no disco rígido principal, enquanto o gerenciador está na maior parte do tempo em que o sistema operacional em que ele está instalado reside). Se você de alguma forma conseguiu ter o carregador em outra unidade como o gerente, você sempre tem que manter esta unidade. Se você remover o Windows não será mais carregado. Eu acho que com as ferramentas que eu postei você deve ser capaz de colocar tanto o carregador quanto o gerenciador instalado onde você quer que ele esteja e você provavelmente deve verificar se ambos estão na unidade do Windows 7 para evitar complicações futuras.