Você não especificou qual é o seu hardware, mas alguns PCs têm gráficos integrados que compartilham alguns recursos de hardware com a placa-mãe - como a memória principal. Se você empilhou muitos processos na memória, então, o modo de tela cheia pode sobrecarregar a memória disponível, causando trocas e outras ineficiências que podem levar a uma CPU rodando perto de 100% e, portanto, exigindo que o ventilador seja executado. Coisas para tentar: use a guia de desempenho no gerenciador de tarefas para verificar o uso da memória e da CPU.
O programa que vai em tela cheia é um programa gráfico intenso como um jogo? Isso causaria mais computação para preencher a área expandida. Uma placa gráfica dedicada pode descarregar muitas dessas tarefas.