Isso não explica por que isso está acontecendo, é apenas uma solução alternativa.
Você pode redefinir automaticamente a propriedade sempre que ela for alterada. Use este script:
#!/bin/bash
while true; do
xinput list-props 12 | grep -q "Synaptics Scrolling Distance (273):.*-25, -25" || xinput set-prop 12 273 -25 -25
sleep 5
done