Use xattr para excluir os atributos especiais:
xattr -d com.apple.quarantine myfile.pdf
xattr -d com.apple.metadata:kMDItemWhereFroms myfile.pdf
De man xattr:
NAME
xattr -- display and manipulate extended attributes
SYNOPSIS
xattr [-lrsvx] file ...
xattr -p [-lrsvx] attr_name file ...
xattr -w [-rsx] attr_name attr_value file ...
xattr -d [-rsv] attr_name file ...
xattr -c [-rsv] file ...
xattr -h | --help