Para o Opera 15 + (Blink engine) você pode usar um switch de linha de comando para especificar um diretório de dados do usuário diferente. Isso é possível porque muitos switches do Chromium funcionam no Opera 15 também
launcher.exe --user-data-dir="C:\folder\to\second\profile"
Para o antigo Opera 12 (mecanismo Presto) existe um interruptor de linha de comando similar
Opera.exe -PD "C:\folder\to\second\profile"