Destaques e "comentários" são todos anotações e, portanto, muito relacionados.
Uma possibilidade seria usar a ferramenta sublinhada para seus comentários (lógicos). Então seu parceiro pode classificar por tipo.
Em versões mais antigas do Acrobat, também era possível classificar por cor, mas agora há um "recurso" no Acrobat que não permite mais isso, o que significa que cores diferentes não funcionam.
Outra possibilidade seria usar outro nome de login para os comentários (lógicos); ordenar por nome é possível.