MP4Box pode limitar a duração da importação. Você pode verificar:
MP4Box -h import
Isso mostrará a seguinte opção:
":dur=D" imports only the first D seconds
Você pode usá-lo da seguinte maneira:
mp4box -add <video> -add <audio>:dur=120 <outputfile>.mp4
Observe que eu removi a opção -flat
como você provavelmente deseja ter um arquivo progressivo, com intercalação de áudio e vídeo.