Não há como fazer isso, exceto fechar uma janela no monitor em que você deseja abrir a próxima janela - como você percebeu. Este é um recurso, não apenas para você! Você menciona o SizeUp , que é a melhor solução para gerenciar janelas em vários monitores, na minha opinião, pois permite que você atribua atalhos para mover as janelas entre monitores. Com o SizeUp, você pode mover uma janela entre os monitores, mesmo se estiver atrás de um filme em tela cheia, por exemplo, desde que a janela que você deseja mover seja a janela mais frontal do aplicativo ativo.
Também faço uso pesado de aplicativos ocultos em vez de arrastá-los para o meu segundo monitor, e tenho ícones transparentes no banco dos réus para que eu possa ver o que escondi. Quando eu comando a guia de volta para o aplicativo oculto, as janelas estão exatamente onde eu quero que elas estejam.