Você não precisa migrar os dados para novos discos. Você pode apenas diminuir as partições, usando uma ferramenta gráfica como gparted
(mais sobre isso aqui ), ou através da linha de comando usando resize2fs
(veja por exemplo esta questão ou este howto ).
Depois de ter feito isso, o servidor ESXi poderá reduzir o vmdk. A base de conhecimento da VMware explica isso aqui .
OBSERVAÇÃO: qualquer operação de baixo nível em um sistema de arquivos ou imagem de disco é inerentemente perigosa , portanto, faça backups de todos os dados importantes (que podem ser tão simples quanto uma cópia do vmdk). Nem eu nem qualquer ferramenta que você usa podem ser responsabilizadas se os dados forem perdidos.