É melhor manter seus arquivos de dados em sua unidade de "dados" e não misturar com a unidade "sistema". E no seu caso também por causa de uma pequena quantidade de espaço em disco disponível em C: disco.
Para mover seus repositórios SVN, você só precisa mover sua pasta de repositórios para a unidade D: e definir esse novo local no console do VisualSVN Server Manager:
- Abra o Gerenciador de servidores do VisualSVN,
- Clique com o botão direito do mouse no nó raiz e selecione propriedades,
- Alterar o local dos repositórios na guia Armazenamento,
- Clique em OK.
Além disso, não esqueça de fazer backups de seus repositórios.