Você precisa alterar um pouco seu termo de pesquisa. Coloque parênteses em torno dos curingas, o que faz com que o caractere que corresponde ao caractere curinga seja lembrado. Em seguida, a cadeia de substituição precisa usar uma barra invertida para reutilizar o caractere correspondente. Assim:
Localizar: ([a-z])^13([a-z])
Substituir por: ^32
Isso deve funcionar, substituindo cada quebra de parágrafo por um espaço.