Eu usaria dd para clonar todo o disco no novo disco.
FAÇA UM BACKUP ANTES DE FAZER ISTO
Você precisará ter ambos os discos conectados e, em seguida, inicializar a partir de um liveCD - gparted de preferência.
Em seguida, usando este comando, você pode executar um disco inteiro duplicado
Onde sda é seu disco antigo, e sdb é o seu novo disco em dd if=/dev/sda of=/dev/sdb bs=1M
Após a duplicação, você precisará aumentar as partições para preencher o espaço vazio.