I can't think of many other things a user can do to protect his own files
Faça backups regulares em mídia que você coloca off-line. Gire sua mídia, portanto, se o seu backup mais recente ficar corrompido, você não perdeu tudo.
Quase todos os problemas de malware são resolvidos por uma boa estratégia de backup que mantém várias cópias de seus dados, idealmente vários locais, e pelo menos algumas das cópias são armazenadas offline strong>.
Você pode minimizar coisas montando seu diretório pessoal e qualquer local que sua conta sem privilégios possa gravar em um sistema de arquivos com o sinalizador noexec. Isso não impede totalmente que as coisas sejam executadas nesses locais, mas filtra a capacidade de execução por padrão.
Você provavelmente poderia fazer coisas com os instantâneos do LVM, para que você tire um instantâneo antes de instalar / executar algum software que lhe foi confiado.
Você pode configurar o selinux, ou algum outro sistema de acesso obrigatório para proteger seu sistema, isso vai custar muito para tornar seu sistema mais difícil de usar.
Is that just a bad default in Windows and could be fixed with a proper configuration?
É um padrão ruim, e o Windows provavelmente poderia bloquear um pouco mais as coisas, mas isso ainda não pararia tudo. Eu tenho visto perguntas de muitos usuários neófitos do Linux que seguirão cegamente as direções que vêem pela Internet e descartam seus sistemas baixando e executando algum script / código que não é apropriado para o sistema deles. Parece ser plausível que alguém possa segmentar algo em usuários do Linux.
As a Linux user, I thought my machine was pretty secure by default, and I was even told that I shouldn't bother installing an antivirus
O randomware recente não foi detectado por um dia ou dois por muitos fornecedores. Por isso, mesmo um software antivírus devidamente instalado, atualizado e totalmente funcional no Windows não ajudou os pobres almas durante o primeiro dia.