Os protetores de tela fazem suas próprias pesquisas para o movimento do mouse (mudança de posição) ou clicando. Veja o XScreensaver FAQ número 10 que indica exatamente esse comportamento. E como Jamie Zawinski - o autor do XScreensaver afirma neste relatório de erros , a posição é verificado apenas a cada 5 segundos.
Se você não quiser pensar em como implementá-lo por conta própria, use o código-fonte C ou os pequenos aplicativos fornecidos em esta questão stackoverflow , ou seja, xprintidle , xidle .